中國衛健委稱，星期三（6月16日）全國新增確診病例44例，其中本土病例33例，北京新增感染病例31例，為今年2月以來新增病例最多的一天。從上星期四（6月11日）以來，北京累計病例137例。此外，河北和浙江各新增1例。
北京市全面提升應急響應級別，從三級調至二級。有關部門對跟新發地批發市場有密切接觸和關聯的人員進行全面排查、核酸檢查和居家觀察；對所有小區全面實行嚴格封閉式管理，全面落實重點人員禁止離京的措施，學校全面停課。
人民日報的推特稱，北京兩個國際機場進出港航班星期三取消了1255個航班，包括615架次出港航班，取消率67.14%，進港航班640架次，取消率68.38%。
在北京疫情爆發的中心地帶新發地農貿市場附近街道，警察設置了路障，檢查進出的人員。新發地周圍近30個社區被指定為中度風險區，進出社區的人員必須要量體溫，進行登記。
一些居民擔心，如果北京的疫情得不到及時的控制，可能會導致北京全城封城，就像今年初武漢一樣。